Regionmuseum og fylkesmuseum
I museumsplanene for Sør-Trøndelag 1985-1989 ble Hitra bygdesamling utnevnt til regionmuseum for Sørfosen museumsregion. Da ny museumsordning for Sør-Trøndelag ble innført fra og med 1991, ble Hitra bygdesamling utnevnt til fylkesmuseum, sammen med sju andre museum i fylket vårt. Hitra bygdesamling skulle ha et særskilt ansvar for kystkultur.
Museet blir privat stiftelse
Den 19. oktober 1994 vedtok Hitra kommunestyre å skille ut Hitra bygdesamling som egen privat stiftelse under navnet Sørfosen Museum, og tirsdag 14. februar 1995 ble det avholdt stiftelsesmøte i museets egne lokaler i Fillan. Gjennom vedtektsendringer i februar 1999 endra organisasjonen navn til Stiftelsen Kystmuseet i Sør-Trøndelag.
Museet får eget bygg
Museets samlokalisering med den videregående skolen og folkebiblioteket ga ingen muligheter for å utvikle museets virksomhet videre. Den 25. oktober 1995 vedtok Hitra kommunestyre å kjøpe meieribygget i Fillan, etter at meieridrifta her var slutt 1. september 1995. (siste produksjonsdato var 7. september) Dette bygget ble stilt til disposisjon for museumsformål, og i november 1995 flytta Sørfosen museum inn i bygget. Den 6. juli 2001 solgte Hitra kommune eiendommen til museet for en symbolsk sum.
Meieriet blir museum
I tidsrommet 1995 – 2006 har Kystmuseet gjennom samarbeid med offentlige og private aktører gjort om bygget fra et næringsmiddelbygg til et kulturbygg. Ombygging og tilrettelegging for museumsaktivitet begynte i 1996. Museumsbutikken kom på plass i juni 1996, i 1997 kom den nye glassfasaden på plass og den 15. juni 1997 åpna vi vår aller første utstilling i det nye bygget vårt. Den het ”Vi og verden” og den ble til som et samarbeid mellom museet og Hitra ungdomsskole. I 1999 begynte planlegginga av basisutstillinga vår, og den 3. november 2001 åpna direktør i ABM-utvikling, Jon Birger Østby, utstillinga ”Folket i Flatvika” i de nye utstillingslokalene i underetasjen. Den 8. mars 2003 kunne utstillinga ”Øyrike midt i verden” åpnes av leder for Norsk kulturråd, Vigdis Moe Skarstein. Den 18. april 2006 var museet ferdig med siste byggetrinn i museumsbygget. Da ble Ægirsalen offisielt åpna av fiskeri- og kystminister Helga Pedersen.